Penyerang Argentina itu meledak gol terakhir minit ke-84 sebelum turut menjaringkan dua gol sebelum itu pada minit ke-42' dan 65'.
Kemenangan ini sekaligus merancakkan saingan perebutan kedudukan teratas yang kini menyaksikan Real Madrid kelebihan satu mata (70) ke atas Barca (69).
Pada aksi tersebut, pengadil Undiano Mallecano menjadi tumpuan apabila mengeluarkan tiga sepakan penalti dan turut menghantar pemain pertahanan Real, Sergio Ramos gara-gara meraih kad merah.
Peluang tersebut digunakan Barca sebaik mungkin bagi untuk mencari kelebihan gol.
Barca meraih jaringan pertama seawal minit ketujuh melalui Andres Iniesta, sebelum Karim Benzema menyamakan kedudukan minit ke-20.
Empat minit selepas itu, Benzema sekali lagi meledak jaringan.
Minit ke-55, Cristiano Ronaldo malakar gol ketiga melalui sepakan penalti.
Messi dipilih sebagai Man of The Match selepas mempamerkan aksi luar biasa untuk membawa pasukannya menang di saat akhir permainan.
SENARAI PEMAIN:
Real Madrid - Lopez, Carvajal, Pepe, Ramos, Marcelo, Alonso, Modric, Di Maria, Bale, Ronaldo, Benzema.
Barcelona - Valdes, Alves, Mascherano, Pique, Alba, Busquets, Xavi, Fabregas, Iniesta, Neymar, Messi.