Para pegawai telah mengeluarkan nasihat menyelamat bagi kawasan-kawasan tertentu.
Agensi Meteorologi Jepun berkata gelombang berukuran 40 sentimeter (16 inci) telah dipantau dalam kawasan Kuji, wilayah Iwate, pada pukul 7.39 pagi (GMT 2239 Rabu) kira-kira sejam selepas tsunami berukuran 20 -sentimeter kali pertama direkodkan di sana.
Gelombang dengan ukuran sehingga 30 sentimeter juga telah dikesan di kawasan-kawasan lain di utara Jepun, kata agensi itu sambil menambah gelombang yang lebih besar boleh melanda pantai itu.
Kawasan-kawasan pantai tersebut meliputi kawasan yang mengalami kerosakan akibat gempa bumi pada 2011 dan tsunami yang mengorbankan lebih daripada 18,000 orang dan mencetuskan kemalangan nuklear di Fukushima.
Agensi itu menasihatkan orang ramai untuk meninggalkan pantai tetapi berkata ia tidak menjangkakan kerosakan akibat ombak.
Pihak berkuasa tempatan mengeluarkan nasihat pemindahan kepada lebih daripada 22,000 orang yang tinggal berhampiran pantai di wilayah Iwate, kata penyiar awam NHK.
Rakaman televisyen menunjukkan mereka yang melarikan diri ke tempat perlindungan berhampiran di Kesennuma, wilayah Miyagi , di mana lebih 1,000 orang terbunuh dalam tsunami 2011.
Sebelum subuh siren amaran tsunami berbunyi di Ishinomak, sebuah lagi bandar yang terjejas teruk oleh tsunami tiga tahun lalu, dan beberapa perkhidmatan bas tempatan terpaksa dibatalkan.
Pihak berkuasa di Jepun dan banyak negara-negara lain yang berada pada risiko tsunami mempunyai sistem amaran awal yang maju dan cenderung untuk berhati-hati.