Anggito adalah orang kedua di kementerian itu meletak jawatan, yang dianggap paling banyak terlibat dengan rasuah dalam skandal berkenaan, selepas bekas Menteri Hal Ehwal Agama Suryadharma Ali berundur apabila disebut sebagai suspek dalam kes itu.
Beliau mengemukakan surat peletakan jawatannya pada pagi Jumaat kepada Menteri Penyelaras Kebajikan Rakyat Agung Laksono, yang kini turut menyandang jawatan Pemangku Menteri Hal Ehwal Agama.
"Surat itu menyatakan beliau mengemukakan peletakan jawatan berikutan laporan media yang menyebut beliau akan menghadapi tindakan undang-undang.
Menurut Agung, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono menerima peletakan jawatan Anggito dan mengingatkan "semua pegawai di kementerian itu supaya bekerja dengan lebih baik" mulai sekarang.
Suryadharma dikenakan pertuduhan menyalah guna kuasa kerana didakwa membawa berpuluh orang, khabarnya sanak saudara beliau, rakannya di kementerian itu dan penggubal undang-undang dalam Dewan Perwakilan Rakyat, yang nama mereka didaftarkan secara palsu sebagai wakil Jawatankuasa Pengelola Haji Indonesia (PPHI), untuk menyertainya menunaikan ibadah haji menggunakan wang negara.
Ini merupakan skandal kedua yang memaksa Anggito meletak jawatan.
Pada Februari, Anggito meletak jawatan sebagai pensyarah di Universitas Gadjah Mada (UGM) kerana didakwa memplagiat sebuah artikel.
