KERAJAAN negeri diarahkan supaya menamakan dan mewartakan pulau tidak berpenghuni selain terumbu karang dan kepulauan di bawah bidang kuasa mereka dengan segera. Mereka juga diminta supaya meletakkan batu sempadan atau penanda sempadan untuk mewujudkan pemilikan dan mengelakkan kemungkinan berlaku pencerobohan warga asing. Ini berikutan status 535 daripada 879 kepulauan yang terletak di perairan Malaysia masih tidak diketahui. Kementerian Kesejahteraan Bandar, Perumahan dan Kerajaan Tempatan mahu pensijilan dilakukan supaya Malaysia boleh menuntut kawasan perairan dan sumber ekonomi di wilayah tersebut. Arahan kerajaan Persekutuan kepada kerajaan negeri itu terkandung di dalam 'Garis Panduan Perancangan dan Pembangunan Fizikal Pulau dan Taman Laut' - versi arahan yang lebih ketat diperkenalkan pada 1996. Arahan itu dikeluarkan bertujuan untuk melindungi hidupan marin dan ekosistem dalam persekitaran yang mudah terjejas. Garis panduan yang disemak semula itu juga diwujudkan untuk menangani kesan perubahan iklim dan kenaikan paras laut, meningkatkan ancaman terhadap kawasan pantai dan perlindungan habitat semula jadi. Pada 12 April 2011, Timbalan Menteri SUmber Asli dan Alam Sekitar pada ketika itu, Tan Sri Joseph Kurup, dilaporkan sebagai berkata, semua pulau yang tidak mempunyai nama di Malaysia akan diwartakan pada Jun 2011. Namun, proses pewartaan itu tidak berlaku. Ketua Setiausaha Kementerian Kesejahteraan Bandar, Perumahan dan Kerajaan Tempatan, Datuk Seri Arpah Abdul Razak berkata garis panduan baharu yang komprehensif, diluluskan Kabinet dan Majlis Kebangsaan untuk Kerajaan Tempatan, khususnya menjelaskan peruntukan kerajaan negeri perlu dipatuhi apabila membangunkan kawasan alam sekitar yang sensitif. "Garis panduan yang disemak semula itu antara lain menyentuh kepadatan sebuah pulau, aktiviti yang dibenarkan dan larangan, piawaian perancangan minimum bagi semua jenis pembangunan, peruntukan melindungi alam sekitar, flora dan fauna serta biodoiversiti," katanya dalam satu salinan garis panduan yang diperolehi The Star. Pulau-pulau di Malaysia dibahagikan kepada empat kategori - pembangunan, resort, taman laut dan tidak berpenghuni. Menurut garis panduan tersebut, rekod Jabatan Ukur dan Pemetaan serta Pusat Hidrografi Kebangsaan menunjukkan terdapat 879 pulau di dalam negara ini. Daripada jumlah tersebut, 418 terletak di Semenanjung Malaysia. Pihak berkuasa bagaimanapun tidak dapat mengesahkan status 42 daripada 67 pulau di Johor dan semua 34 pulau di perairan Kelantan. Status mengenai 67 pulau di Sarawak dan 392 di Sabah juga masih samar. Walapun garis panduan yang disemak semula itu hanya terpakai di Semenanjung dan Labuan, Sabah dan Sarawak juga digalakkan untuk mengguna pakai garis panduan tersebut. Malaysia terpaksa membawa kes Pulau Sipadan dan Pulau Ligitan ke Mahkamah Keadilan Antarabangsa (ICJ) selepas Indonesia menuntut hak terhadap pulau tersebut. Pada 2002, ICJ mengeluarkan keputusan yang memihak kepada Malaysia. Namun, Malaysia tewas dalam hak tuntutan terhadap Pulau Batu Putih kepada Singapura.
