Pasukan Die Roten itu mengalahkan Werder Bremen 2-0 dalam perlawanan yang berlangsung di Allianz Arena, Munich, awal pagi Rabu.
Dengan keputusan ini, Bayern kini menunggu lawannya yang merupakan pemenang perlawanan antara Hertha BSC dan Borussia Dortmund.
Gol Bayern diperolehi pada minit ke-30 menerusi tandukan Muller sebelum dihadiahkan penalti pada minit ke-71 yang turut disempurnakan pemain yang sama.
Bagaimanapun, tayangan semula menunjukkan dua pemain tersebut tidak 'berhubung' antara satu sama lain dan Vidal dilihat melakukan 'diving'.
Babak final akan berlangsung di Stadium Olympia, Berlin, pada 21 Mei ini.