Dalam euloginya pada upacara Pengebumian Negara untuk bekas presiden itu pada Jumaat, Lee memberitahu Nathan terus menerima pencen bulanan RM150 sehingga beliau meninggal dunia.
"... akan beritahu Osith (Ramanathan, anak lelaki Nathan) untuk menyimpan slip bayaran itu dengan baik," katanya.
Berkongsi kisah lama, Lee berkata Nathan menjadi tuan rumah apabila beliau mengunjunginya di Kuala Lumpur pada 1988 untuk berucap pada majlis Kelab Harvard Malaysia.
"Tema saya ketika itu adalah hubungan sekian lama antara Singapura dan Malaysia. Selepas membaca deraf ucapan tersebut, Encik Nathan berkongsi pengalaman peribadinya bersama saya.
"Selepas perang, beliau berkhidmat di Jabatan Kerja Raya di Johor Baharu, dan kemudian mendapat pencen. Pada 1988, selepas lama bersara daripada perkhidmatan awam Malaysia, beliau masih menerima pencen bulanan RM150.
"Saya gunakan anekdot itu dalam ucapan saya, untuk menyampaikan mesej muhibah saya kepada hadirin rakyat Malaysia.
"Inilah sifat tipikal Encik Nathan. Beliau mempunyai kepandaian menjadikan sesuatu yang kecil yang dikaitkan dengan anekdot peribadi bagi menggambarkan perkara lebih luas," kata Lee.
Nathan, 92, meninggal dunia di Hospital Besar Singapura pada Isnin, tiga minggu selepas diserang angin ahmar.